El juego tiene lugar en un futuro cercano, 30 años después de los acontecimiento de Killzone 3. El mundo es un lugar muy diferente; dos facciones rivales conocidas como los Helghast y los Vektans viven, unos al lado de los otros, en una ciudad futurista, separados por un enorme muro.
Las tensiones son grandes y la guerra fría en la que están envueltos está a punto de caldearse. En medio de toda esta situación está un Shadow Marshal: tú. Se trata de la más especial de todas las fuerzas especiales, que tienen como tarea mantener el frágil equilibrio.
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